Eleito com 1,4 milhão de votos, na eleição de 29 de outubro de 2006, o governador Jackson Lago perdeu o mandato em 16 de abril de 2009. Nesta noite tristemente memorável, o Tribunal Superior Eleitoral confirmou a cassação do governador e de seu vice, Luiz Carlos Porto. Com a decisão, a então senadora Roseana Sarney (PMDB), segunda colocada na eleição de 2006, pôde tomar posse no lugar de Jackson Lago.
Os ministros do TSE rejeitaram os recursos apresentados pela defesa do governador contra a decisão da Corte, que cassara em março de 2009 o mandato de Lago e Porto por suposto abuso de poder político nas eleições de 2006. Os ministros também rejeitaram um recurso em que João Melo Bentivi, candidato do Prona ao cargo de governador nas eleições de 2006, reclamava tomar posse no lugar de Roseana.
Bentivi questionava o fato de a legenda não ter sido incluída no processo como parte interessada na ação. O relator dos recursos, ministro Eros Grau, afirmou que os recursos eram improcedentes.
A defesa do governador alegava que o TSE seria incompetente para julgar o processo, de acordo com a Constituição Federal. No caso, sustentava que o tribunal deveria extinguir a ação sem o julgamento de mérito ou determinar a remessa do processo ao TRE-MA (Tribunal Regional Eleitoral) do Maranhão.
“O TSE é sim competente para julgar o caso. As divergências não alteram a questão central dos pedidos. Não há contradição na proclamação dos resultados do primeiro julgamento, quando a maioria dos ministros se manifestou pela procedência do caso”, afirmou Eros Grau na época, ao participar do julgamento do caso.
Os advogados de Jackson Lago também destacaram que as denúncias pelas quais o pedetista foi condenado não seriam suficientes para influir no resultado da eleição.
Em 19 de dezembro de 2008, o processo começou a ser julgado pelo TSE, mas foi adiado e várias vezes retomado. Primeiro por um pedido de vista do ministro Félix Fischer. Depois, o ministro Joaquim Barbosa se julgou impedido de participar por motivos pessoais.
Em sessão realizada no mês de março de 2009, o julgamento foi adiado porque o ministro Fernando Gonçalves passou mal e foi levado ao InCor (Instituto do Coração) de Brasília. Antes dos adiamentos, o ministro Eros Grau, relator do processo, já havia adiantado seu voto pela cassação dos acusados.
O pedido de cassação foi feito pela coligação de Roseana Sarney, candidata derrotada por Jackson Lago nas eleições de 2006. A principal acusação era a de que José Reinaldo Tavares (PSB), governador do Maranhão à época da eleição, teria usado a máquina do Estado em favor de Lago.
Entre as supostas infrações cometidas por Lago, a denúncia mencionava doações irregulares de cestas básicas e kit salva-vidas para moradores da baía de São Marcos, em São José de Ribamar, além de transferência de recursos públicos, de mais de R$ 700 mil, para uma associação de moradores de Grajaú.
Havia também menção a uma suposta apreensão de R$ 17 mil pela Polícia Federal, em Imperatriz. O valor, segundo a coligação de Roseana, teria sido utilizado para a compra de votos. Distribuição de combustível e material de construção completavam a lista das supostas irregularidades eleitorais.
Em sua defesa, Jackson Lago afirmou que não existia, nos autos, prova concreta de que os convênios teriam sido usados com fins eleitoreiros. Tanto era assim, afirmava a defesa, que “a força eleitoral de Jackson Lago se manifestou onde não houve convênio nenhum”.
Os advogados do governador sustentaram que os fatos apontados não foram amparados em provas pré-constituídas, mas somente em alegações. Ainda assim, o Tribunal Superior Eleitoral (TSE) decidiu cassar o mandato do governador do Maranhão na noite de 16 de abril de 2009.